Nació en Santiago de Querétaro. Su fe de bautismo señala que fue presentado en la Parroquia de Santiago (hoy Parroquia de Santiago Apóstol) el 14 de noviembre de 1786. No se ha encontrado su acta de nacimiento, Por lo que no hay precisión de la fecha exacta en la que nació. En dicha fe de bautismo señala que Ignacio Pérez es hijo de padres ocultos y que fueron sus padrinos Francisco Pérez y Josefa Malagón; Sin embargo, sus padres biológicos fueron Jose Ignacio Pérez y Joseph Ignacio Pérez y Gómez, de origen español, originarios y vecinos de Santiago de Querétaro, los cuales contrajeron nupcias, el 21 de febrero de 1786.
Se desconocen los motivos por los cuales Ignacio Pérez, no reconoce como tal a sus padres biológicos. En cambio, reconoce como padre político ( A su padrino de bautismo Francisco Pérez y como madre política) a Ignacia Anguiano, quien fue la segunda esposa de su padrino Francisco Pérez.
Ignacio Pérez, Se desempeñó como alcaide, O carcelero real, en la casa del Corregidor de Querétaro Miguel Domínguez junto con su esposa Josefa Ortiz de Domínguez, incluso antes de que estallara el movimiento independentista en 1810, Razón por la cual estuvo inmiscuido en las reuniones clandestinas que se gestaban desde 1808 para conspirar una lucha armada, con el objetivo de emancipar a la Nueva España de la Monarquía Española e instaurar una Junta Gobernativa, Que tomara el poder a nombre del Rey de España, Fernando VII.
